醫院污水處理標準實行《醫療機構水污染物排放標準》（GB18466-2016）中的規定。其中主要按照其醫院的性質，所在區域接納水體，醫院規模，排放方式來要求排放標準。下面介紹幾種常規的醫院污水處理標準及方法： 1、縣級和縣級以上或者是20張床位以上的醫療機構。直排或間接排入河流大地等地表水體和海域的實行排放標準。排入終端建有正常運行城鎮二級污水處理廠的下水道污水執行預處理標準。（由于污染源越來越多，下游城鎮污水處理廠的處理能力已經接近上限，很多地區已要求達到排放標準）。 含傳染病和結核病的醫療機構先將傳染病房污水與非傳染病房污水分開，污水和糞便經過消毒以后在與其他污水一起處理。 20-1000張床位的醫院適合使用地埋式一體化污水處理設備，其處理工藝主要有：A/O法、A2/O法、SBR法、CASS法、MBR膜法、活性污泥法，生物接觸氧化法、等等。如A/O法的處理流程為：厭氧+好氧+沉淀+消毒，其特點是污泥產生量小，不需要另建調節池，節省土建費用。運行費用低，系統抗沖擊能力強，出水穩定等。 2、縣級以下或20張床位以下的所有醫療機構污水經消毒處理后方可排放。預處理的方法有:臭氧消毒、二氧化氯消毒、紫外線消毒等。如臭氧消毒的特點是：設備體積小，價格低廉、不需要土建、消毒能力強，殺毒率達99%-99.9%。不用添加藥劑，只需220v電源，全自動運行、運行費用低等。
3、采用含氯消毒劑進行消毒的醫療機構污水直接排入地表水體或海域，應進行脫氯處理，使總余氯小于0.5mg/L。 4、禁止向GB3097一、二類海域，GB3838一類、二類水域和三類水域的飲用水保護區和游泳去排放醫療機構污水。
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